10x Genomics单细胞+空间都能学文章,发发发不停!
2025-07-28 12:19
四
;不表文章称呼:Exuberant fibroblast activity compromises lung function via ADAMTS4
中的文解答:不必要的成纤维蛋白质介导通过ADAMTS4损害腹腔系统
刊;不医学期刊:Nature
刊;不时时有段:2020年10翌年
直接影响生物体:42.779
刊;不各单位:美国密苏里州底特律圣裘德儿童研究课题公立医院抗病毒讲授系研究课题人员首先采用甲型病毒传染果蝇,在传染后的第0,1,3和6天后,为了让10x Genomics单蛋白质遗传隐含提高效率对腹腔CD45阴性蛋白质进行时单蛋白质核酸研究,并分离单单了3个主要的蛋白质这群人。注意到在病毒传染过程中的不必要介导的成纤维蛋白质可归因于蛋白质外第三组分(extracellular mqECM)焕然一新酶—尤其是ECM蛋白酶ADAMTS4。那么成纤维蛋白质在医讲授在结构上上是如何响应并愈演愈烈扭曲的呢?研究课题人员为了让10x Genomics Visium维空间RNA第三组提高效率在气管拮据最严重的时候(传染后第10天)对果蝇腹腔切口进行时了维空间RNA第三组研究,注意到ADAMTS4的隐含受限在肺泡邻近的发炎肺脏,预设了终端气道DRFibs隐含ADAMTS4是一个极为重要的反应节点。总之,这项研究课题注意到病毒传染可随之而来成纤维蛋白质相同RNA完全的扭曲,其中的部分成纤维蛋白质(DRFibs)可以通过隐含ADAMTS4等焕然一新腹腔微环境,促进抗病毒蛋白质常为,随之而来腹腔系统受损。因此,ADAMTS4可以作为一个包括急性气管拮据中的心等征在内相关疾病的疗法靶标。
五
;不表文章称呼:Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas
中的文解答:拆分基于微阵列的维空间RNA第三组讲授和单蛋白质 RNA-seq 阐明胰脏导管癌的许多第三组织在结构上
刊;不医学期刊:Nature Biotechnology
刊;不时时有段:2020年3翌年
直接影响生物体::54.908
刊;不各单位:纽约大讲授
单蛋白质 RNA 核酸 (scRNA-seq) 必需系统地鉴别许多第三组织中的的蛋白质这群人,但连续性它们的维空间许多第三组织仍然具有挑战性。本研究课题将基于微阵列的维空间RNA第三组讲授方式与从同一抽样转换成的 scRNA-Seq 相结合,该方式运用于一系列点来阐明遗传隐含的维空间模式,每个点捉到多个相邻蛋白质的RNA第三组。为了注释相同许多第三组织周边地区的粗略蛋白质都由,本研究课题引入了一种多形式化横向研究的方式。将多模式横向研究系统设计于原;不性胰脏病变,研究课题注意到导管蛋白质、巨噬蛋白质、树突蛋白质和癌蛋白质的亚这群人具有维空间受限于的富集,以及与其他蛋白质类型的相同共有富集。此外,我们具体了隐含应激反应遗传模第三组的炎性成纤维蛋白质和癌蛋白质的共有定位。我们绘成 scRNA-seq 假定的亚这群人在结构上的方式可用于阐明精细许多第三组织固有的化讲授键。
六
;不表文章解答:Spatial mapping reveals human adipocyte subpopulations with distinct sensitivities to insulin
中的文解答:维空间第三组讲授阐明对生长激素具有相同持续性的永生白色脂肪蛋白质亚这群人
;不表文章医学期刊:Cell Metabolism
刊;不时时有段:2021年8翌年
直接影响生物体:27.287
刊;不各单位:奥斯汉密尔顿奥斯医讲授院医讲授系
现今,关于白色脂肪许多第三组织 (white adipose tissue,WAT) 的蛋白质及其在结构上系统性对其系统的功绩,我们知之甚少。本研究课题通过10x Genomics Visium 平台解维空间RNA第三组信息,并与单蛋白质 RNA 核酸信息以及图像研究相结合,以绘成永生 WAT 的都由和在结构上。研究课题聚类具体了 18 个蛋白质并不一定,其中的,三个构成个数相像的明朗脂肪蛋白质,但它们的维空间排列和RNA曲谱隐含依赖于系统性。基于标上遗传,研究课题人员将这它们命名为为 AdipoLEP、AdipoPLIN 和 AdipoSAA。在实质上信息集中的证实,它们各自的遗传曲谱与脂肪蛋白质和全身生长激素持续性相关程度相同。高生长激素-长时时有血糖钳夹在细胞内的生长激素刺激表明,只有 AdipoPLIN 说明了单单对生长激素的RNA反应。总之,通过挖掘这种多模式水资源,研究课题具体永生 WAT 由三类明朗脂肪蛋白质都由,其中的只有一种是对生长激素有反应的。
七
;不表文章称呼:Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
中的文解答:人上皮粗胞蛋白质癌单蛋白质及维空间在结构上的除此以外讲授研究
刊;不医学期刊:Cell
刊;不时时有段:2020年7翌年
直接影响生物体:36.216
刊;不各单位:斯坦福大讲授医讲授院
本文的研究课题普通人是黏膜上皮粗胞蛋白质癌(cSCC),结合10xGenomics单蛋白质RNA第三组核酸和Visium维空间遗传隐含提高效率,研究课题了人cSCC和相加的长时时有黏膜。注意到cSCC有四个病变蛋白质亚这群人,三个囊括长时时有表皮完全的亚这群人,一个定座落在纤维血管微环境的病变特异性鳞片演化成蛋白质亚这群人(TSK)。将单蛋白质和维空间信息映射的羰基-受体局域网与特定蛋白质类型拆分,阐明TSK是蛋白质时有的通讯的枢纽。观察到抗病毒抑制的多种相似性,包括T可调蛋白质(Treg)与CD8 T蛋白质共有定座落在连接起来的病变第三组分中的。最后,永生病变异种移植物的单蛋白质连续性和细胞内CRISPR检验鉴别了病变愈演愈烈中的起关键作用的特定病变亚这群人富集遗传局域网。本研究课题研究了cSCC病变和第三组分蛋白质亚这群人,它们化讲授键的维空间微环境,以及它们策划的乳癌的通讯遗传局域网。
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